La propuesta, que intenta introducir modificaciones mínimas, tanto del museo como del entorno del edificio de Villanueva, permitirá realizar las obras sin cerrar el museo ni alterar el funcionamiento de la institución. En contra de lo que indicaban las bases, se opta por no construir nada adosado a la fachada posterior del edificio de Villanueva para no persistir en el error de las sucesivas ampliaciones. También se considera crucial mantener y potenciar el vacío existente alrededor del Claustro de los Jerónimos mediante su adecuada restauración e incorporación a la escena urbana.

Se recupera la cota del terreno natural que tenía el proyecto de Villanueva, respetando la escalera y las puertas que construyó Muguruza en 1945, a través de las que se hace la conexión con el otro edificio. Esta recuperación permite construir debajo el gran vestíbulo de acceso y acogida de grupos y comunicar desde éste el resto de las dependencias.

A partir de este vestíbulo, situado en el eje norte-sur de la galería de Villanueva, se proyecta un eje perpendicular este-oeste ocupado por una galería de esculturas de proporciones, longitud e iluminación cenital similares a la galería central y que finaliza en el Casón del Buen Retiro, uniendo así los dos edificios que hoy forman el Prado. Aprovechando la diferencia de cota existente entre las calles Ruiz de Alarcón y Felipe IV con relación a la rasante de la fachada posterior del museo se propone un edificio en L de cuatro plantas para albergar las dependencias del personal, los talleres de restauración, el departamento de conservación, la dirección, la cafetería y la sala de exposiciones temporales.

En el ámbito definido por la fachada posterior del museo y el nuevo edificio se crea un jardín cuya traza sigue la del Botánico y cuyo objetivo es crear un vacío que permita disfrutar de las fachadas de Villanueva, una vez demolidos los pabellones construidos por Arbós en 1914. El proyecto no toca físicamente las fábricas de Villanueva, sino que crea un cuerpo independiente que lo antecede: un edificio que es subterráneo en el enlace con el Casón, en la galería de esculturas, en las salas de conferencias y en todos aquellos espacios que pueden resolverse con iluminación cenital o artificial, y exterior en la sala de exposiciones temporales, la cafetería, los espacios de acogida y las dependencias para el personal del museo.

Con relación al Museo del Ejército, se propone su conexión desde la galería de esculturas que comunica con el Casón, la reconstrucción de la disposición de las pinturas del Salón de Reinos en el siglo XVII, así como la recuperación de su fachada norte.